La couleur des eaux du lac est due au pompage par autosiphon du gaz carbonique bloqué dans les couches profondes du lac (300 millions de m3 estimés). Le système mis en place est pleinement opérationnel depuis 2011 avec trois colonnes (ces 'orgues’ de Nyos sont observables sur la scène originale de Google Earth) qui font jaillir un jet d’eau et de dioxyde de carbone à plusieurs dizaines de mètres au-dessus du lac entraînant ce trouble de l’eau. Le gaz se dissipe dans l’atmosphère en quantité insuffisante pour être toxique. Un petit lac proche donne la comparaison.